Роден во Озумба, држава Мексико, во 1737 година, тој прифатил религиозна кариера и бил ракоположен за свештеник на дваесет години.
И покрај неговата филозофска обука, тој од најмала возраст се занимава со знаење и примена на природните науки, физиката, математиката и астрономијата. Објавува вредни дела на научни теми во весниците и списанијата од своето време. Тој се стекна со меѓународно реноме и беше назначен за соодветен партнер на Париската академија на науките. Поголемиот дел од своето време го поминува спроведувајќи научни експерименти и собира огромна библиотека. Тој е колекционер на археолошки парчиња и ретки примероци на растенија и животни. Истражете го Xochicalco. За да му оддадат почит, во 1884 година е основано научното друштво Антонио Алзате, кое во 1935 година стана Национална академија на науките. Неговото најдобро познато уредничко дело е белешките за античката историја на Мексико, напишани од езуитот Франциско Хавиер Клавиеро. Се вели дека тој е далечен роднина на Сор Хуана Инес де ла Круз. Умре во Мексико Сити во 1799 година.
