Археолошките остатоци од Икстепете, свечен центар во близина на градот Гвадалахара во општина Запопан и неодамнешните откритија на повеќе од дваесет гробници во долината Атемајац, ни овозможуваат да заклучиме дека имало важни занимања за време на класичниот период (200 П.н.е.-650 г. н.е.)
Непосредно пред освојувањето, долината беше населена во најголем дел од групи кокаи и текуекси, собрани во мали села зависни од власта на Тоналан, кои беа поднесени без голем отпор од Нушо Белтаран де Гузман во 1530 година.
На крајот на следната година, Гузман го презеде освојувањето кон север, доверувајќи му на Хуан де Онате да го премине засекот на реката Сантијаго и колку што е можно, но со претпазливост, најде шпанско население без да се разголи. Така, на 5 јануари 1532 година, во близина на Ночистан, во денешен Закатекас, е основана Гвадалахара.
Неповолните услови за доселениците доведоа до пренесување на овој град во Тонала, но престојот таму траеше кратко и набргу откако Хиспанците се населија во близина на Тлакотан, каде што останаа до 1541 година. Бунтот на каксапите попозната како војна Микстон, која ја доведе во сериозна опасност шпанската доминација, пристигна до околината на Гвадалахара. Со револтот спуштен „од оган и крв“ од моќната војска предводена од вицекралот Антонио де Мендоза, градот достигна мир, но остана без домороден труд, па во потрага по него, тие решија да го преселат населението, наоѓајќи соодветно Вале де Атемајак, каде што беше направена последната и конечна основа на 14 февруари 1542 година. Подоцна, веста беше потврдена дека, скоро три години пред тоа, кралот му дал ранг и привилегии на градот.
Во 1546 година, папата Павле III ја создаде епископијата во Нуева Галиција и во 1548 година беше основана истоимената ауденција; Седиштето на двете јурисдикции беше првично во Компостела, Тепиќ, сè додека во 1560 година не беше наредено нејзино менување во Гвадалахара, со што стана судски раководител на огромната територија што тогаш се нарекуваше Ауденција на Гвадалахара, главниот град на Кралството Нуева Галиција и седиште на епископијата. Бидејќи секој шпански град беше извлечен како шаховска табла од плоштадот Сан Фернандо и исто како што беше обичај, домородните населби Мексикалцинго, Аналко и Мезкитан беа изоставени од планот. Процесот на евангелизација започнале од Францисканците, по што следеле августинците и езуитите.
Постепено, со тешкотии и назадувања, но исто така и со успеси, Гвадалахара растеше и се етаблираше како економски и центар за моќ, толку многу што во средината на 18 век значителен број на богати луѓе од Гвадалахара сакаа Нуева Галиција со Нуева Визкаја да интегрира потполно странска вицекралска власт. до Нова Шпанија, цел која не беше постигната затоа што на повидок беа политичко-административните реформи од 1786 година, кои ја модифицираа територијалната структура, поделувајќи ја целата покраинска власт на 12 општини, од кои едната беше Гвадалахара.
За време на колонијата, особено во 18 век, економскиот бум остави архитектонско, културно и уметничко наследство, чии сведоштва сè уште остануваат низ целиот град.
Воздухот за независност што се протегаше низ целата територија на Нова Шпанија навлезе во Халиско, така што кога избувна војната за независност во различни делови на општината имаше востанија.
На 26 ноември 1810 година, Дон Мигел Идалго, командувајќи со голема војска, влегол во Гвадалахара и бил примен од Хозе Антонио Торес, кој го зазел градот непосредно претходно. Идалго овде издаде декрет за укинување на ропството, печат хартија и алкабала и го спонзорираше печатењето на востаничкиот весник Ел Деспертадор Американо
На 17 јануари 1811 година, востаниците биле поразени на мостот Калдерон и кралските војници на Калеха ја повратиле Гвадалахара, преземајќи ја командата Хозе де ла Круз, кој со епископот Кабањас, уништил секое избувнување на бунт.
Прогласена независност во 1821 година, беше подигната слободната и суверена држава Халиско, оставајќи го Гвадалахара како главен град на државата и седиште на моќта.
Нестабилноста што преовладуваше скоро во текот на целиот деветнаесетти век во земјата, влошена од странски инвазии, го отежнуваше тоа, но не и спречуваше на државата, а особено во нејзиниот главен град да го продолжи развојот по разни редови. Опипливи примери се: во втората четвртина од векот, создавањето на Институтот за државни науки; изградбата на Факултетот за уметност и занаетчиство, Ботаничката градина, Казнено-поправниот дом и Пантеон во Витлеем, како и отворањето на првите фабрики.
На почетокот на осумдесеттите, се појавија урбани трамваи со влечење на животни, електричното светло беше инсталирано во 1884 година, во 1888 година пристигна првата железничка пруга во Мексико и таа на Манзанило во 1909 година. Во деведесеттите години, Дон Маријано Барчена ја основаше Астрономската опсерваторија и индустрискиот музеј.
За време на револуцијата, во Гвадалахара имаше некои бунтовни акти против диктатурата Диаз, како што се штрајкови на работниците и студентски протести, а Мадеро дури беше примен во 1909 и 1910 година со големи изрази на сочувство. Сепак, немаше воинствени настани од последиците. Од друга страна, главниот град на Гвадалахара претрпе своевидна стагнација што заврши во 1930 година, откако беше договорен мирот расипан од војната во Кристерос, почнувајќи желба за модернизација што не заврши.
Видете исто така колонијални градови: Гвадалахара, Халиско
