Христијанизацијата на Јакизата беше она што им дозволи на верските да се шират во 1609 година, продирајќи на територијата на Сонора.
За време на Колонијата, Сонора одговараше само на падините на Сиера Мадре Оксидентал во границите на тој ентитет. Регионот што се протегаше на север од реката Јаки, вклучително и Реал де ла Синегилја, беше наречен Пимерија Баја и најсеверниот регион од тој Реал до реката Колорадо - веќе во сегашната северноамериканска држава Аризона - се викаше Пимерија Алта.
Сегашната територија на Соноран исто така вклучува и мал регион на југо-запад од она што тогаш беше познато како Пимерија, лоциран во државата Чивава и Остимури, место лоцирано на бреговите на Калифорнискиот Залив, помеѓу реките Мајо и Јаки.
Во 1614 година мисионерите Перез де Ривас и Педро Мендез ги христијанизираа Маите во областа Остимури, поделувајќи ја мисијата на три области: Санта Круз (на устието на Мајо), Навојоа и Тезија.
Тепахуите биле основани заедно со Корникарис во 1620 година. Отец Мигел Годинес ги основал мисиите на Сан Андрес де Корникари и Асунсион де Тепахуи . Истата година беше основан Ректоратот во Сан Игнасио, кој вклучуваше, покрај петте претходно споменати мисии, и оние на Бакам, Торин и Рахин, сместени на устието на Јаки.
Во 1617 година, Јакисите беа преобратени од родителите Перез де Ривас и Томас Базилио. И покрај претрпените востанија, немири, маки и убиства, преобратувањето на Сонора беше побрзо и побезбедно. До 17-тиот век, Језуитите се прошириле и ја основале мисијата на Мајкоба и Јекора во југозападниот дел на она што тие го знаеле како Чинипас.
Мисиите од реката Јаки на север беа поделени во четири ректорати: онаа од Сан Борха ги групираше мисиите на: Кукумарипа и Текорипа , основана во 1619 година; Мовас и Оновас, во 1622 година; Сахуарипа во 1627 година; Матапе во 1629 година; Онапа во 1677 година и Аривечи , во 1727 година. Ректоратот на тројцата свети маченици во Јапонија, во кој беа вклучени Батуко основан во 1627 година, Опосура во 1640 година и Бакадегуачи , Гвазавас , Санта Марија Бакерака и Сан Мигел Бависпе , основана во 1645 година. И ректоратот на Сан Хавиер што ги интегрираше мисиите на Урес во 1636 година; Акончи, Оподепе и Банамичи во 1639 година; Кукурпе и Аризпе во 1648 година и Куакиараки во 1655 година.
Во 1687 година мисионерот Еузебио Франциско Кино влезе во Пимерија Алта и ги започна мисиите на ректоратот на Нуестра Сењора де лос Долорес, основајќи: Каборка, на која му беше доделен Франциско Хавиер Саета кој одржува преписка со неговата духовна поддршка, таткото Кино; Атил, Тубутама, Богородица на тага де Шариќ, Питикито, Аил, Оквитоа, Магдалена, Сан Игнасио, Кокоспера и Имурис.
По протерувањето на Језуитите, мисиите беа задолжени за Францисканците, кои повеќе не градеа и само се ограничуваа на обидот да ги зачуваат постојните. Откако језуитите веќе воспоставија населби во Синалоа и Сонора, ги свртеа погледите кон територијата на Калифорнија.
