Колонизацијата на овие далечни земји беше постигната благодарение на непоколебливата волја и неуморна работа на група језуитски мисионери кои знаејќи дека освојувачите не беа во можност да ги покорат абориџините, решија да им го донесат евангелието, со што ќе го достигнат зборот што што не беше постигнато со оружје.
Така, на крајот на XVII век, под ентузијастичка иницијатива на језуитот Еузебио Кино, кој доби дозвола од шпанските власти да тргне во експедицијата на адмиралот Исидро Атондо и Антилон, мисионерите пристигнаа на оној за кој тогаш се веруваше дека е остров, да ги евангелизира своите нескротливи жители. За да даде дозвола, круната постави услов освојувањето да се изврши на име на шпанскиот крал и самите мисионери да добијат средства за извршување на тој потфат.
Првата мисија, Санта Марија де Лорето, беше основана во 1697 година од отец Хозе Марија Салватиера, кој беше во Тарахумара, и кого отец Кино предложи да го изврши големото дело. Санта Марија де Лорето повеќе од сто години беше политичка, економска и верска престолнина на Калифорнија.
Во текот на следните три четвртини од еден век, мисионерите основаа ланец од осумнаесет врвни тврдини, поврзани со таканаречениот „кралски пат“ што тие самите го изградија, поврзувајќи го регионот Лос Кабос, на југот на полуостровот, до сегашната граница со нашата сосед на север; Ова беше можно затоа што меѓу мисионерите имаше капелани со познавање на градежништво и хидрауличен инженеринг.
Од овие застрашувачки конструкции, некои преживуваат во совршена состојба, како што е Сан Игнасио, една од најубавите и најдобро зачуваните, изградена од отец Хуан Баутиста Лујандо во 1728 година; онаа од Сан Франциско Хавиер, основана во 1699 година, која се состоеше од скромна капела од кирпич и куќа на свештеник изградена од Фреј Франциско Марија Пиколо; сегашната зграда е изградена во 1774 година од отец Мигел Барко, и поради својата прекрасна архитектура се смета за „скапоцен камен на мисиите на Баја Калифорнија Сур“; оној на Санта Росалија де Мулеге, основан во 1705 година од отец Хуан Марија Басалџа, 117 километри северно од Лорето, беше едно од најдобрите лоцирани, бидејќи беше изградено во оаза покрај морето.
Мисиите ја комбинираа убавината на архитектурата и богатството на декорацијата со практично опкружување, што овозможи да се воспостават постојани населби околу нив. Мисионерите не само што ги евангелизираа абориџините, туку ги учеа да ја прават пустината плодна со палми од урми; тие воведоа добиток и одгледување пченка, пченица и шеќерна трска; Тие успеале да ја натераат земјата да произведува овошни дрвја како што се авокадо и смокви, а за да се усогласат со религиозните обреди за кои било потребно вино и масло, тие добиле дозвола за обработка на лозата и маслиновото дрво, што било забрането во остатокот од Новиот Шпанија, и благодарение на ова денес, во регионот се произведуваат одлични вина и маслиново масло. И, ако сето ова не беше доволно, тие ги воведоа и првите грмушки од рози кои цветаа во овие земји и кои денес ги красат парковите и градините на целиот полуостров.
